Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 16 Tahun 2015 tentang Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan, terjadi penggabungan organisasi Kementerian Kehutanan dan Kementerian Lingkungan Hidup. Sesuai dengan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor : P.18/MenLHK-II/2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan yang diganti dengan P.15 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan dan Surat Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor : SK.335/MenLHK-Sekjen/2015 tentang Penetapan Status Organisasi Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan bahwa Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam (KSDA) menginduk pada Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem.
Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam (BBKSDA) Riau yang ditetapkan berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.08/MenLHK/Setjen/OTL.0/I/2016 tanggal 29 Januari 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam. yang diganti dengan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor 17 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem.