Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 16 Tahun 2015 tentang Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan, terjadi penggabungan organisasi Kementerian Kehutanan  dan Kementerian Lingkungan Hidup.  Sesuai dengan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor :  P.18/MenLHK-II/2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan dan Surat Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor : SK.335/MenLHK-Sekjen/2015 tentang Penetapan Status Organisasi Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan bahwa Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam (KSDA) meng-induk pada  Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem. Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam (BBKSDA) Riau yang ditetapkan berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.08/MenLHK/Setjen/OTL.0/I/2016 tanggal 29 Januari 2016 tentang  Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam; Wilayah kerja BBKSDA Riau berada pada 2 Provinsi, yaitu Provinsi Riau dan Provinsi Kepulauan Riau, yang membentang dari Pegunungan Bukit Barisan sampai ke Laut Cina Selatan. Secara geografis, wilayah kerja BBKSDA Riau terletak antara 1 09 Lintang Selatan 4 45 Lintang Utara dan 100 45 109 00 Bujur Timur dengan luas wilayah 329.867 Km2 yang terdiri atas daratan seluas 94.561 Km2 (28,67%) dan lautan/perairan seluas 235.306 Km2 (71,33%).Dari luas daratan 94.561 Km2 tersebut, terdapat 17 kawasan konservasi yang dikelola BBKSDA Riau, baik berupa Kawasan Suaka Alam maupun Kawasan Pelestarian Alam, dengan luas keseluruhan 475.470,11 hektar. Kawasan Konservasi yang dikelola BBKSDA Riau terdiri dari 10 Suaka Margasatwa, 2 Cagar Alam, 3 Taman Wisata Alam, 1 Taman Buru, dan 1 Taman Nasional Zamrud. BBKSDA Riau sebagai organisasi Eselon II berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.08/MenLHK/Setjen/OTL.0/I/2016 tanggal 29 Januari 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam mempunyai 4 (empat) jabatan Eselon III dan 9 (sembilan) jabatan Eselon IV.