Keputusan Menteri Pertanian Nomor 429/Kpts/Um/1978 tanggal 10 Juli 1978 merupakan tonggak awal sejarah terbentuknya Balai Besar KSDA Riau. Nama Organisasi saat itu Sub Balai Perlindungan dan Pelestarian Alam Riau, yang merupakan unit pelaksana teknis Bidang Perlindungan dan Pelestarian Alam, berada dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Balai Konservasi Sumber Daya I Sumatera Utara yang berkedudukan di Kota Medan.

Tahun 1969 tepat tanggal 1 April 1969, Sdr. Jujung Mudjizat Sudarma sebagai Kepala Seksi PPA yang dibantu beberapa orang staf. Pada tahun 1978 beliau ditugaskan di Bogor dan kedudukannya digantikan Sdr. Ir. Soemarsono Hardjodiwiryo, M.Sc. sebagai Kepala Sub Balai Perlindungan dan Pelestarian Alam Riau. Pada tahun 1979 beliau digantikan oleh Ir. R. Soemarsono dan Ir. Suyono. Pada tahun 1980, Kepala Sub Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau digantikan oleh Ruslan Effendy. Pada tahun 1990, Kepala Sub Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau digantikan oleh Marpurwasuka.

Pada tahun 1991, Kepala Sub Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau digantikan oleh Harapan Napitupulu. Pada tahun 1994, Kepala Sub Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau digantikan oleh Ir. Sammuel Panggabean dan pada tahun 1995, Kepala Sub Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau digantikan oleh Ir. Susilo Legowo kemudian pada tahun 1999 digantikan oleh Ir. Djati Wicaksono Hadi, M.Si. Pada tahun yang sama Sub Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau berganti nama menjadi Unit Konservasi Sumber Daya Alam Riau. Pada tahun 2001 digantikan oleh Ir. John Kennedy, M.M.

Pada tahun 2002, oleh karena wilayah kerja serta bertambahnya beban Tugas Pokok dan Fungsi Unit Konservasi Sumber Daya Alam Riau sesuai Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 6187/Kpts-II/2022 tanggal 10 Juni 2002. Unit Konservasi Sumber Daya Alam Riau dinaikkan eselonnya menjadi eselon III.A dengan nama Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau (Balai KSDA Riau) dan pada tanggal 15 Juli 2005 jabatan Kepala Balai Konservasi Sumber Daya Alam Riau digantikan oleh Dr. Ir. Wilistra Danny, M.For.Sc. Pada tanggal 13 Oktober 2006 digantikan oleh Ir. A. Rachman Sidik, M.Ed.

Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 16 Tahun 2015 tentang Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan, terjadi penggabungan organisasi Kementerian Kehutanan  dan Kementerian Lingkungan Hidup.  Sesuai dengan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor :  P.18/MenLHK-II/2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan yang diganti dengan P.15 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutana dan Surat Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor : SK.335/MenLHK-Sekjen/2015 tentang Penetapan Status Organisasi Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan bahwa Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam (KSDA) meng-induk pada  Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem.

Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam (BBKSDA) Riau yang ditetapkan berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.08/MenLHK/Setjen/OTL.0/I/2016 tanggal 29 Januari 2016 tentang  Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam; Wilayah kerja BBKSDA Riau berada pada 2 Provinsi, yaitu Provinsi Riau dan Provinsi Kepulauan Riau, yang membentang dari Pegunungan Bukit Barisan sampai ke Laut Cina Selatan. Secara geografis, wilayah kerja BBKSDA Riau terletak antara 1° 09’ Lintang Selatan – 4° 45’ Lintang Utara dan 100° 45’ – 109° 00’ Bujur Timur dengan luas wilayah 329.867 Km² yang terdiri atas daratan seluas 94.561 Km² (28,67%) dan lautan/perairan seluas 235.306 Km2 (71,33%).Dari luas daratan 94.561 Km² tersebut, terdapat 17 kawasan konservasi yang dikelola BBKSDA Riau, baik berupa Kawasan Suaka Alam maupun Kawasan Pelestarian Alam, dengan luas keseluruhan ± 440.539,59 hektar.

Kawasan Konservasi yang dikelola BBKSDA Riau terdiri dari 10 Suaka Margasatwa, 2 Cagar Alam, 3 Taman Wisata Alam, 1 Taman Buru, 1 Taman Nasional Zamrud dan 4 KSA/KPA. BBKSDA Riau sebagai organisasi Eselon II berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.08/MenLHK/Setjen/OTL.0/I/2016 tanggal 29 Januari 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam mempunyai 4 (empat) jabatan Eselon III dan 9 (sembilan) jabatan Eselon IV.  Diganti dengan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor 17 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem sehingga jabatan eselon IV di Balai Besar KSDA semula sembilan jabatan menjadi 4 Jabatan.

Dengan adanya Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia  Nomor: SK. 187/MENLHK/SETJEN/PLA.2/4/2020 Tentang Penetapan Fungsi Dalam fungsi Pokok Kawasan Pelestarian Alam Mahato Sebagai Kawasan Hutan Taman Hutan Raya Tuanku Tambusai di Kabupaten Rokan Hulu Provinsi Riau Seluas ± 1.345 Ha. Maka satu dari 4 KSA/KPA yang dikelolah oleh Balai Besar KSDA Riau yaitu KSA/KPA Mahato menjadi Hutan Taman Raya Tuanku Tambusai yang pengelolaannya di Kabupaten Rokan Hulu, yang semula Balai Besar KSDA Riau Mengelola 21 Kawasan Konservasi menjadi 20 Kawasan konservasi dengan luas keseluruhan ± 439,192.29 Hektar.

Pada Tahun 2024, terjadi perubahan terhadap Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan sesuai dengan Peraturan Presiden Nomor 139 Tahun 2024 tentang Penataan Tugas dan Fungsi Kementerian Negara Kabinet Merah Putih Periode 2024-2029 berganti menjadi Kementerian Kehutanan.

Berdasarkan Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 4 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal KSDAE Pasal 29 poin 1 UPT KSDA sebagaimana dimaksud dalam Pasal 28 mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan konservasi sumber daya alam dan ekosistemnya di cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, konservasi keanekaragaman hayati ekosistem, spesies, dan genetik, koordinasi teknis pembinaan pengelolaan taman hutan raya, serta fasilitasi areal preservasi sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.